Uma das metodologias de trabalho aplicada pelo IPESA pertencente à linha de atuação dos sistemas agroecológicos são os Sistemas Agroflorestais (SAFs). Os SAFs são formas de uso e manejo dos recursos naturais, nos quais espécies lenhosas (árvores, arbustos, palmeiras) são utilizadas em associação deliberada com cultivos comerciais de diferentes ciclos e possivelmente com criações e manejo de animais no mesmo espaço, de maneira simultânea ou em seqüência temporal delineada por um planejamento prévio. Os elementos componentes dos SAFs podem variar conforme o clima, os objetivos, a disponibilidade de insumos e o grau de complexidade pretendido. Os arranjos e as inter-relações entre estes elementos podem estar mais ou menos sob controle do condutor deste SAF.


Sistemas como estes podem ser deliberadamente estabelecidos para favorecer criações comerciais ou para produção de cultivos anuais, madeira, frutas, fitoterapicos, sementes, plantas ornamentais e etc.