O IPESA nasceu a partir de um projeto bem-sucedido, iniciado em 2002, chamado Trilhas do Mirante. À época, o grupo composto principalmente por alunos formados no Departamento de Geografia da Universidade de São Paulo (USP), em parceria com a SAPA - Sociedade Amigos de Paúba - desenvolveu trabalhos de educação ambiental e revitalização no Morro do Mirante, localizado no município litorâneo de São Sebastião-SP, entre as praias de Maresias e Paúba. Durante o projeto Trilhas do Mirante o grupo se fortaleceu e novos desafios e oportunidades surgiram, sempre com foco em questões sócioambientais, configurando a necessidade de oficialização do grupo enquanto instituição. Em junho de 2005, o grupo de pessoas envolvido nas ações já realizadas fundou o Instituto de Projetos e Pesquisas Sócio Ambientais - IPESA - qualificado como Organização Não Governamental, sem fins lucrativos.

Desde então foram construídos coletivamente o Estatuto Social, o Regimento Interno, a missão e linhas de atuação do IPESA, a partir das quais as ações, projetos e parcerias foram estabelecidos em um esforço conjunto de cumprimento e realização das metas pretendidas.

Com sucesso, em novembro de 2005 firmou sua primeira parceria institucional com a Fundação Alphaville na participação do projeto de Capacitação Profissional da AVEMARE - Associação de Catadores de Materiais Recicláveis da Vila Esperança -, responsáveis pela realização e divulgação do projeto Lixo da Gente - Reciclando a Cidadania no município de Santana de Parnaíba - SP. Parceria que foi ampliada para a realização de mais um projeto, o Escolas Ecológicas, realizado no Município de Cotia - SP. Ambos os projetos encontram-se em continuidade: Escolas Ecológicas agora em sua segunda fase, e o Projeto de Capacitação da AVEMARE, já em sua quarta fase, que desde agosto de 2006 conta com mais um parceiro importante, o Instituto Tamboré.

Em Julho de 2006, o IPESA prestou acessoria técnica na recuperação de área degradada no Condomínio Nova Paulista, no Município de Jandira - SP. Desta forma, ampliou sua área de atuação realizando outras consultorias técnicas relacionadas à sua missão, fato repetido em Novembro de 2006 com a elaboração do diagnóstico de implantação do sistema de Coleta Seletiva da Via Oeste.

A semente inicial do Projeto Trilhas do Mirante foi disseminada e continuou gerando frutos, tais como o projeto Retratando a Paisagem - Projeto de Educação Artística Ambiental - e palestras na Escola Móbile.

Em 2008 mais duas importantes parcerias, com a Prefeitura municipal de Santana de Parnaíba, no projeto de Capacitação em Educação Ambiental da AVEMARE e com a Prefeitura do município de São Paulo, através do FEMA - Fundo Especial do Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável - para a participação no Projeto Educação Ambiental na Implantação dos Parques Lineares Sapé e Água Podre, desenvolvendo aulas de Educação Ambiental.

Ainda em 2008 outros grandes projetos começam a florescer: o inicio do projeto de capacitação profissional do grupo CRIS - Cooperativa de Recicláveis de Itapecerica da Serra - e ampliação do Programa Escolas Ecológicas em Parelheiros - Ribeirão Caulin -, além do desenvolvimento do plantio agroecológico e capacitação de agricultores no Programa CO2 Reciclado na compensação de gases de efeito estufa oriundos da produção do filme Ensaio sobre a Cegueira, da O2 filmes.